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    4D Label Free

    4D蛋白質組學在傳統3D保留時間(retention time)、質荷比(m/z)、離子強度(intensity)這三個維度分離基礎之上增加了第四維離子淌度(mobility)的分離,重新定義了蛋白質組學的分析標準。4D Label free建立在TimsTOF Pro上,基于雙Tims和PASEF的數據采集模式,具有更高的采集速度、靈敏度和特異性,使臨床蛋白質組學在鑒定準度、鑒定深度、定量準確性、檢測周期等性能上全面提升。

    4D Label Free技術優勢

    公開的測試數據(見參考文獻1),表明4D在鑒定準度、鑒定深度、定量準確性、檢測周期上均有較大提升,樣本量要求上較大程度降低,具體性能參數如下:


    1. 鑒定更精準

    4維分離,蛋白鑒定的精確度更高。尤其是生物樣本的蛋白質組成復雜,存在大量的共洗脫現象,在很小的保留時間內卻存在大量共洗脫肽,質量差異(m/z)小。而離子淌度中對質量差異小的肽段進行區分(離子遷移率不同),實現更精準的鑒定。


    2. 鑒定數更多

    相同測試條件下,4D Label free比傳統Label free技術檢測能力提高50%以上。例如90min,4D label free蛋白組鑒定到hela蛋白5200個,鑒定數提高62.5%;11.5min,4D label free蛋白組鑒定到血液蛋白超過500多個,蛋白鑒定數提高50%。


    3. 定量更穩定

    連續進樣96針,R2>0.95,CV<5%,定量范圍超過3個數量級。


    4. 項目周期更短

    PASEF獨特的采集模式,實現超高掃描速度,實驗周期大幅縮減。


    5. 樣本量要求更低

    4D蛋白組的上樣量降低到傳統方法降低1/10,只需200ng。原始樣本量降低到傳統方法的1/4。只需少量樣本,就能達到深度覆蓋。

    項目流程

    4D項目流程包括樣本準備、實驗室樣本制備、上機檢測、數據預處理、生信挖掘等5大環節。

    產品優勢

    1. 基于高精度質譜儀TimsTOF Pro,吉凱搭建了4D Label Free技術平臺,相比傳統的label free技術,4D Label Free技術可以實現樣品鑒定準度高、鑒定深度深、定量準確性高、定量穩定性高等特點。


    2. 送樣量:送樣量要求最低的技術,低至TMT的1/4,DIA的1/2。

    樣本類型

    送樣量

    組內生物學重復

    4D label free

    DIA

    TMT

    細胞

    1.25E6個

    2.5E6個

    5E6個

    3例/組以上

    組織

    7.5 mg

    15 mg

    30 mg

    動物6~8例/組以上

    臨床20~30例以上

    血清/血漿

    25 ul

    50 ul

    100 ul


    3. 極速交付周期:10個工作日

    參考文獻

    [1] Thomas Kosinski, et al., Short nanoLC gradients optimize throughput on a timss equipped QTOF with PASEF, ASMS 2019, TP 514.

    [2] Meier F, Brunner AD, Koch S, et al. Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018;17(12):2534-2545.

    [3] Tian W, Zhang N, Jin R, et al. Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease. Nat Commun. 2020;11(1):5859.

    [4] Azkargorta M, Bregón-Villahoz M, Escobes I, et al. In-depth proteomics and natural peptidomics analyses reveal antibacterial peptides in human endometrial fluid. J Proteomics. 2020;216:103652.

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